Le monde de Mathilda a volé en éclats. Bien que sa foi en Dieu soit restée intacte, elle rejoint le combat des Kathares contre l'Eglise d'Inosanto dans l'espoir de retrouver sa mère. Phoebus, mourant, est rongé par le désir irrationnel de s'inoculer la mystérieuse nano substance. Contrainte de collaborer avec le Prophète, Esclarmonde se bat dans l'ombre pour trouver un moyen d'ébranler l'inquisition technologique qui s'est emparée de ce qu'il reste du monde.