20XX: Die ehemalige Hauptstadt hat sich komplett verwandelt. Viele Jahre zuvor wurde der gesamte Großraum durch eine Katastrophe stark kontaminiert. Ein Großteil der Bevölkerung war unmittelbar betroffen. Seitdem wurde dieses Gebiet nicht mehr betreten. Nun werden Ibara, Taeko und Aoi dorthin geschickt, um den letzten noch verbliebenen Notsignalen aus der Stadt nachzugehen und nach Überlebenden zu suchen. Äußerlich unterscheiden sie sich nicht von normalen Schulmädchen, doch sie gehören zur Dritten Division einer militärischen Sondereinheit der Bodenstreitkräfte und sind durch genetische Manipulation immun gegen die Strahlung. Eigens für diese Mission wurden sie erschaffen - doch was werden sie dort tatsächlich finden?