Besonders begabte Schüler ließ er jedoch nur wenige Jahre die Grundlagen des buddhistischen Geistestrainings studieren und machte sie dann, nach Abschluss der Vorbereitungen, direkt mit der Natur des Geistes vertraut. Danach schickte er sie mit prägnanten Erklärungen zur Praxis auf die Natur des Geistes in mehrmonatige oder gar mehrjährige Klausuren, ohne ihnen zusätzlich tantrische Ermächtigungen zu geben. Er lehrte auf diese Weise erstaunlich viele Schüler diese Art der Mahamudra-Praxis, d. h. ein natürliches Verweilen im Sosein, ohne dabei zusätzlich tantrische Methoden einzusetzen. Vor Gampopa gab es dieses direkte Vorgehen in Tibet offenbar noch nicht, obwohl sich Hinweise darauf bereits beim Stammvater des Mahamudra finden, dem indischen Meister Saraha, der vermutlich im 2. Jh. n. Chr. lebte.