Nate ist ein ganz normaler Junge, doch als er den quirligen Geist namens "Whisper" aus einem Spielzeugautomaten befreit, erhält er zum Dank von ihm eine Zauber-Uhr, die Yo-Kai Watch. Damit kann Nate all die wundersamen und kunterbunten Yo-Kai sehen, die überall herumschwirren. Jeder Yo-Kai hat eine eigene Wirkung auf die Menschen. Der Eine sorgt für Schluckauf, der Nächste für einen Lachkrampf und wieder einer lässt die Menschen in seiner Nähe streiten. Also macht Nate sich daran, die Yo-Kai aufzuspüren und dabei die Probleme der Menschen zu lösen. Der niedliche Katzen-Yo-Kai Jibanyan wird einer seiner ersten Kameraden, doch in jedem Kapitel folgen weitere lustige und unverwechselbare Yo-Kai-Freunde.